劇場でカットもしくは変更されたと思われるシーンあり

具体的には

・蒼紫ｖｓ鎌足＋蝙也

・安慈との決着の仕方が劇場版とは違う

・最終決戦でも比古登場、
薫との会話あり

あと明治政府要人の描写が劇場本編よりもだいぶマシに描かれています